Nach dem Fall der Mauer und dem Zusammenschluss der beiden Stadthälften wurden auch die unterirdischen Netzwerke wieder miteinander verbunden, die gesperrten „Geisterbahnhöfe“ wieder in Betrieb genommen und die Gitter aus den Kanalisationsschächten entlang der Sektorengrenze entfernt. Ein besonders spektakuläres Beispiel für die Wiederherstellung der Infrastruktur ist das Hauptstromkabel der BEWAG, welches das westliche mit dem östlichen Stromnetz verbindet. Hierfür wurde eigens in bis zu 35 Metern Tiefe ein Tunnel angelegt, der vom Bezirk Tiergarten bis nach Marzahn reicht. Die vom Senat verfügte Höhenbegrenzung der Bauten, sowie das Interesse der Investoren, den Grund und Boden möglichst optimal auszunutzen, führten z. B. am Potsdamer Platz dazu, dass bis zu 18 Meter in den Untergrund hinein gebaut wurde. In den Kellern des Daimler-Chrysler-Areals entstanden zur Vermeidung von Oberflächenverkehr 15 Einstellplätze für Sattelschlepper, über die fast die gesamte Ver- und Entsorgung des Stadtviertels abgewickelt wird. Auch der Deutsche Bundestag leistete sich auf Anraten der Sicherheitsexperten im Bereich des Reichstages ein aufwendiges unterirdisches Erschließungssystem. Über eine zentrale Einfahrt wird die Ver- und Entsorgung sowie die Ein- und Ausfahrt der Abgeordneten organisiert.
Der Wunsch der Großinvestoren, am Potsdamer Platz an möglichst viele Verkehrssysteme angebunden zu sein, als auch der Wunsch der Regierung nach wenig Verkehr im Regierungsviertel führte zur Verlegung der Bundesstraße 96 sowie der neuen Nord-Süd-Fernbahnlinie in den Untergrund und zur Ausführung von Bauvorleistungen für zwei zukünftige U-Bahntrassen.
