Indem nach dem Zweiten Weltkrieg die Einbindung der beiden Stadthälften in die unterschiedlichen politisch-wirtschaftlichen Systeme vorangetrieben wurde, vollzog sich auch die schrittweise Teilung der unterirdischen Infrastruktur. So stellte Ost-Berlin während der Berlin-Blockade in den Jahren 1948/49 die Strom- und Wasserversorgung nach West-Berlin ein. Als Antwort darauf wurde im Westteil der Stadt ein weitgehend autonomes Versorgungssystem errichtet.
Der Kalte Krieg wurde auch im Berliner Untergrund geführt. So grub der amerikanische Geheimdienst CIA im Jahre 1953 einen Tunnel von West- nach Ost-Berlin, um so die Telefonleitung vom sowjetischen Hauptquartier in Wünsdorf zur sowjetischen Botschaft Unter den Linden elf Monate lang abzuhören.
Die von der DDR realisierte endgültige Teilung der Stadt im Jahre 1961 vollzog sich dann auch in den unterirdischen Systemen. So wurden die Kanalisationsschächte von Ost- nach West-Berlin vergittert, nicht genutzte U-Bahnschächte an der Sektorengrenze vermauert und zahlreiche Bahnhöfe in Ost-Berlin geschlossen. Als Reaktion auf die Mauer gruben Fluchthelfer in West-Berlin Tunnel, um Menschen von Ost-Berlin in den Westen zu schleusen.
In West-Berlin, auf der "Insel des Freien Westens im bolschewistischen Meer", wollte man nicht nur die wirtschaftliche und kulturelle, sondern auch die bautechnische Überlegenheit der Bundesrepublik demonstrieren. Im Rahmen einer überdimensionierten Verkehrsplanung entstanden in der Zeit des Kalten Krieges in West-Berlin sieben U-Bahnhöfe, die nie ans Netz gingen.
Der Kalte Krieg führte auch in West-Berlin zum Bau von Bunkeranlagen für einen konventionellen oder begrenzten atomaren Krieg. In den Schutzräumen, die in den Bunkern aus dem Zweiten Weltkrieg eingerichtet oder als Neubauten erstellt wurden, hätten von den zwei Millionen West-Berlinern allerdings nur 26 000 Platz gefunden.
